МЦКФУ осуществляет процессуальную защиту  юридических лиц по делам о привлечении к ответственности в сфере антимонопольного законодательства. Исследует обстоятельства дела, послужившими основанием для возбуждения дела, факт соблюдения антимонопольными органами прав клиента, вырабатывает процессуальные стратегии защиты интересов, а также осуществляет представление интересов клиента при рассмотрении административного дела.

Кроме того, МЦКФУ осуществляет ведение судебной работы по оспариванию действий антимонопольных органов, в случаях привлечения юридического лица к ответственности по антимонопольному законодательству.